Outros pontos abordados pelo TCU dizem respeito ao teto da remuneração do Mais Médicos e critérios que serão usados para a prestação de contas. O tribunal questiona se o ministério usou o teto da remuneração do Mais Médicos como base de cálculo. A lei que criou o programa prevê bolsa que varia entre R$ 10 mil e R$ 30 mil, de acordo com a região de atuação dos profissionais. Mas, pelo cálculo feito por auditores com base no valor total do contrato, a referência usada na prática teria sido única: R$ 30 mil.
Ministros querem saber também sobre a prestação de contas da Opas e quais medidas serão adotadas em caso de não cumprimento das metas. O relatório aprovado pelos ministros ainda prevê recomendação para que Ministério da Saúde e Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão incluam o Mais Médicos no Plano Plurianual e criem uma rubrica específica no orçamento.
A equipe técnica identificou ainda tratamento diferenciado a médicos formados no Brasil e intercambistas. No entanto, os ministros concordaram que o assunto não é de competência do tribunal.